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Biblioteca La Colección de Hongos además de tener el buen servicio de la Biblioteca General del Instituto de Ecología con su significativo acervo bibliográfico, cuenta con una Biblioteca especializada, propiedad del Dr. Gastón Guzmán, pero de acceso al personal de la Colección y a los visitantes. El acervo bibliográfico de dicha Biblioteca privada tiene más de 9,000 títulos y en la que hay obras muy valiosas y colecciones importantes de revistas micológicas a nivel internacional y una gran colección de sobretiros, clasificados por autores unos y otros por materias. Entre los libros y trabajos sobresalientes están los de Batista, Boudier, Corner, Dennis, Donk, Fries, Hale, Heim, T. Hongo, Horak, Kobayasi, Kühner, Lloyd, Malençon, Moser, Murrill, Patouillard, Peck, Pegler, Persoon, Pilát, Reid, Rick, Ricken, Ryvarden, Saccardo, Singer, Schultes, A.H. Smith, Spegazzini, Trappe, Wasser, Wasson y Watling. Obras importantes son las de Bresadola (Iconographia Mycologica), Brodo et al. (Lichens of North America), Cooke (Illustrations of British Fungi), Farr et al. (Fungi on plants), Kühner y Romagnesi (Flore Analitique), Lange (Flora Danica), Minter et al. (Fungi of the Caribbean), Nash et al. (Lichen Flora of the Greater Sonoran Desert Region), Sahagún (Historia de las Cosas de la Nueva España) y How to identify mushrooms to genus (I-IV). Están también las colecciones casi completas de las revistas Karstenia, Mycologia, Mycotaxon, Revue de Mycologie, Transactions of British Mycological Society y otras. Además diversos temas son significativos en la Biblioteca, como los Agaricales, Ascomicetos, Etnomicología, Gasteromicetos, Hongos en relación con los animales, Hongos hipogeos, Hongos alucinógenos, Hongos tóxicos y envenenamientos, Hongos Latinoamericanos, Hongos de México, Líquenes, Micoecología, Polyporales y sobre los géneros Amanita, Gyromitra, Iodowynnea, Hypoxylon, Phylacia, Plectania, Psilocybe, Scleroderma y Xylaria.

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