Su propósito es dar a conocer los resultados de las investigaciones científicas originales e inéditas en las diferentes disciplinas de la Botánica, teniendo un especial interés en las plantas mexicanas. Su periodicidad es trimestral. El idioma en que se presenta es el español, aceptando también trabajos en inglés, francés y portugués. La revista está incluida en los principales sistemas de indización de revistas científicas nacionales y del extranjero: Dialnet, Índice de Revistas Mexicanas de Investigación Científica y Tecnológica del CONACyT, Journal Citation Reports, Latindex - Catálogo (Sistema Regional de Información en Línea para Revistas Científicas de América Latina, el Caribe, España y Portugal), RedAlyC (Red de Revistas Científicas de América Latina y el Caribe, España y Portugal), SciELO, SciELO Citation Index y Scopus. De acuerdo con Latindex, la revista se encuentra en 30 directorios y bases de datos, ya sea indizada o resumida.

A partir del año 2009 Acta Botanica Mexicana cuenta con el cálculo de factor de impacto en el Journal Citation Reports, del ISI Web of Knowledge. Para el año 2013 es de 0.629.

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